Merkezin misyonu ve hedefleri sürdürülebilir çevre yönetimi kapsamında bölgesel ve ulusal düzeyde mevcut sorunların belirlenmesi ve bu sorunların çözümüne yönelik disiplinler arası bilimsel ve uygulamaya yönelik çalışma ve projeler gerçekleştirerek Üniversitenin bilimsel ve teknolojik hedeflerine uygun araştırma ve eğitim faaliyetlerinde bulunmaktır. Ayrıca toplumun çevreye olan duyarlılığını ve farkındalığını artırmaya yönelik elde edilen bilimsel veriler ve faaliyetleri ilgili mercilere ve kamuoyuna aktarmak da Merkezin temel misyonu içerisinde yer almaktadır.