Özel kalem müdürlüğü, Rektör ve Rektör Yardımcılarının işlerinin kesintisiz ve düzenli bir şekilde yürütülmesini sağlamak amacıyla kurulmuş bir birimdir.

Başlıca görevleri şu şekilde sıralanabilir:
Rektörün ve Rektör yardımcılarının kurum içi ve kurum dışı yazışmalarını yürütmek, Havale ve imza dosyalarını kontrol etmek,

Rektör veya rektörlük tarafından düzenlenen protokol, davet ve törenlerin işleyişinde görev almak, birimler  arasında koordinasyonu sağlamak.

Üniversitenin Valilik ve buna bağlı kurumlar ile diğer özel  ve tüzel kuruluşlarla iletişimini sağlamak.

Rektör ve yardımcılarının organize ettiği ve/veya katılacağı toplantılara ilişkin hazırlık yapmak ilgili kişilere duyuru yapmak ve toplantı odasını düzenlemek.

Genel Sekreterlik bünyesinde yapılan birim içi toplantılara katılmak. ME. Ü. Özel Kalemine kurum içi ve kurum dışından gelen konukları karşılamak, ağırlamak ve uğurlamak.

Rektör ve Rektör Yardımcılarının yurt içi ve yurt dışı seyahatlerinde gerekli hazırlıkları ve organizasyonları yerine getirmek.